Transcriptomics

转录组测序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。该技术能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性)，提供更为全面的转录组信息。转录组分析的主要目标是：对所有的转录产物进行分类；确定基因的转录结构，如其起始位点，5′和3′末端，剪接模式和其他转录后修饰；并量化各转录本在发育过程中和不同条件下(如生理/病理)表达水平的变化

RNA-Seq的基本步骤: 提取样本总RNA后,根据所测RNA种类进行分离纯化。再进而片段化为所用测序平台所需的长度(或反转录后片段化)， 基因在生物体内被转录，经过剪切后产生成熟的mRNA（红色）。提取mRNA后，经碎片化/片段化后反转录成稳定的ds-cDNA片段（蓝色）。反转录后连接测序接头。接着利用PCR扩增达到一定丰度上机测序，直到获得足够的序列。 使用高通量测序技术获得ds-cDNA序列。所得序列通过与参考基因组比对或从头组装(de novo assembly)形成全基因组范围的转录谱。这些数据可用于注释表达基因的位置及其相对表达水平等。